袁崇焕非常激动，他表示，我受皇帝陛下特殊眷顾，刻骨铭心。倘若假我以便宜，我5年便可恢复全辽疆土。思宗很是高兴，说：“你能5年复辽，朕决不吝惜封侯之赏。”

在对国政进行了初步治理，皇位初步巩固后，思宗开始集中精力解决客魏集团。他准备采用先稳住，然后再逐个击破的方式将客魏集团消灭。由于思宗继位后，对魏忠贤不冷不热，魏忠贤深感前景不妙。九月一日，魏忠贤提出辞去东厂职务来试探思宗的态度，思宗没有批准。次日，客氏提出出宫，思宗马上表示同意。第二天，天还未明，客氏素服到熹宗的灵前将她保存的熹宗胎发、指甲焚化，痛哭一场，离开了紫禁城，住进熹宗赐给她的府第里。魏忠贤的主要爪牙王体乾、李永贞照样得到思宗的信任，九、十两个月的登极恩赏照样给予他们。只不过，思宗新重用的太监徐应元、曹化淳比魏忠贤更加得意。

朝廷大臣中那些魏忠贤党羽也心神不定，他们预感到形势将要变化，许多聪明人开始寻找退路。魏党的分化使形势开始明朗。九月十六日，南京通政使杨所修疏奏宦党崔呈秀父丧不奔，夺情视事非制，请放他归籍丁忧守制，思宗不允。十月十四日，魏党首恶分子杨维垣丢卒保车，主动疏劾崔呈秀专权乱政。说魏忠贤是听信了崔呈秀，被他所误。崔呈秀慌了，要求守制，思宗还是不放他走。十月十八日，杨维垣再劾崔呈秀通内，连累了魏忠贤，并颂扬魏忠贤一心为公，矢忠体国。杨维垣疏中还弹劾了其他几个魏党人物，思宗继续保持沉默。

十月二十三日，独立于魏党之外的下级官员也行动了起来。工部主事陆澄源参劾崔呈秀，词中涉及魏忠贤建造生祠问题。思宗虽薄责陆澄源越位擅言，但心里高兴，遂将崔呈秀放归。二十五日，兵部主事钱元悫直接弹劾魏忠贤，言词激烈，天下震动。二十七日，海盐贡生钱嘉徵上疏，将魏忠贤罪行列为10项，要求将魏忠贤明正典刑，以泄天下之愤。思宗拿这本奏章让人读给魏忠贤听，魏忠贤知道大事不好，马上以患病为由提出辞去东厂职务。思宗令他出宫调理，随后传令将魏忠贤集中在宫中的军士解散。

接着，思宗又点了几个魏党首要分子的名，下令吏部调查崔呈秀等人的罪行。

十一月一日，思宗下诏，公布了魏忠贤的罪行，宣布本应将魏忠贤寸斫以谢天下，念先帝还未出殡，姑且安置于凤阳。客魏二犯家产籍没，冒封的爵位革除，子孙人等俱到烟瘴之地充军。

魏忠贤离京，带了许多人和车辆。思宗以此为理由，令兵部差人将魏忠贤押往凤阳。十一月六日，魏忠贤走到阜城县，闻知了思宗的命令，知道末日到了，当晚上吊自杀于旅舍。崔呈秀在蓟州家里听到魏忠贤的死信也自缢身亡。十一月七日，客氏被押往浣衣局打死。随后，客魏两家子孙人等皆被斩首。

思宗在翦除客魏集团的斗争中大获全胜，为大明帝国清除了最大的隐患，显示了他不可低估的行政才能。

魏忠贤除掉了，但把持朝政的魏党羽翼其势力仍然庞大。当时，内阁、六部，各院寺首脑都是魏的死党，身居要职者都与魏忠贤有瓜葛。杨所修、杨维垣、安伸、贾继春等人以弹劾魏忠贤的功臣自居，上窜下跳，他们的目的就是保护同党，使思宗不再追究他们，从而达到维护现状、继续压抑东林党人的目的。

思宗深知，魏忠贤如果没有朝廷中这些寡廉鲜耻之徒的帮助是不会造成这么严重的危害的。思宗当然不会放过这些奸侫之徒，让他们继续把持朝政。十一月份，他下令逮捕了魏忠贤的主要爪牙“五虎”和“五彪”，交法司议罪。从十二月到崇祯元年五月，朱由检亲自主持选拔了4批共132个给事中、御史。这些新进言官除个别人依附魏忠贤，此外，皆是与魏党无关联之人。他们以清除魏党为己任，言路渐趋清明，思宗因此了解到更多的真实情况。对被魏忠贤害死、削夺的官员，该平反的平反，该起用的起用。

但思宗这时也犯了一个大错。原来，袁崇焕出关后，整顿兵马，修缮城池，使山海关一线的防务稳定下来，金帝皇太极一看在山海关无机可趁，决定从别处入关，一者骚扰内地，再者找机会设计除掉袁崇焕，去掉这一危险对手。

崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金10数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于通州。但金兵绕开袁崇焕，直扑北京。

面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，思宗心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了颗悬着的心。他任命大将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻。思宗为此召见了袁崇焕，他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向思宗表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，思宗中了皇太极的反间计。

皇太极曾在北京城下俘获两个太监，他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京。故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到宫内便把这个消息报告了思宗。本来思宗对袁已心中有气，倡言5年复辽击贩金兵，现在辽东未复却把金兵引到了家门口，听太监一说，心中不免起疑，袁是不是与金真有勾结思宗越想越觉得有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，金兵才退出关外。

后金兵退走后，思宗愈感袁崇焕有负他的厚望，怒气难消，于是下令将袁崇焕凌迟处死，从而自毁了长城。