内外布署完毕，惠帝便于洪武三十一年八月，密令曹国公李景隆率兵千人，奇袭开封，把分封此地的周王朱木肃及妃嫔人等，统行拿下，押解至京，废为平民，贬谪云南。后又召木肃还京，锢禁狱中。

接着惠帝又于建文元年公元1399年初，以有人告发岷王朱梗违法为由，下令将其废为庶人。不久，又有人告发分封在荆州的湘王朱柏有不法行为，朱柏获悉自己被告发，全家自焚而死。接着齐王朱木尊也被削为平民，不久惠帝又下令将代王朱桂囚禁于高墙。

短短数日，五位亲王先后被废黜，暂还苟安的其他亲王俱为震恐。尤其是燕王朱棣，左顾右盼，愈觉大祸即将临头。

不久，南京连下朝旨，严责朱棣儿子朱高煦擅杀吏民。并将燕王府官吏于谅、周铎捕戮京师。朱棣见势不妙，为减轻惠帝的戒心，示以他无力争夺皇位，便佯装狂夫，披头散发，语言颠倒，走呼街头。他时而抢食市人酒饭，时而奄卧沟渠，竟日不起。

张昺、谢贵闻听燕王病重，不信，便入邸问候。虽时值盛夏，红日炎炎，而燕王府邸内却设火炉，炉火熊熊。家人虽大汗淋淋，惟独朱棣身披羔裘，兀坐炉旁，还连呼天寒。

张昺、谢贵见此情景，不由不信以为真。但谁知燕王府官吏葛诚说：“燕王诈疾，公等慎勿为欺。”两人闻后，正在犹豫间，惠帝已亲自审讯逮至京师的燕王百户官邓庸，获悉燕王谋反的确凿证据，因此严令张昺、谢贵和北平都指挥张信一起，内外呼合，逮捕朱棣。张信过去曾被朱棣信用，接到抓捕朱棣旨令后，一时竟不知所措，便把自己的心事偷偷向母亲叙说了。其母闻言大惊，执意劝子抗命不从。张信权衡利害，果遵母命。他换上便服，乘着妇人车，偷偷进入燕王府，将皇帝下旨掩捕朱棣的消息，一一密报于燕王朱棣。

朱棣获悉朝旨，跪谢张信救命之恩，且当机立断，先发制人。首先设计谋杀了前来掩扑朱棣的张昺、谢贵等，之后于建文元年秋七月，毅然起兵抗命造反。

为出师有名，争取舆论，朱棣援引父亲朱元璋祖训中所训示的“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”为理由，直指齐泰、黄子澄为奸逆，须加诛讨。自称举兵为“靖难”。这就是历史上著名的“靖难之役。”

“靖难”始初，惠帝对频频传来的恶讯还并不在意，只是采取了一些常规的防范措施。首先是祭告太庙，削去朱棣属籍，废为庶人，然后是命长兴侯耿炳文为征虏大将军，率师讨伐。

耿炳文领命出师，兵众号称30万，实际上只调集13万人马。足智多谋的燕王朱棣对耿炳文的用兵之术了如指掌。在中秋之夜，他乘南军不备，将南军先锋部队全部歼灭。接着又在滹沱河的北岸，大败耿炳文的主力部队。

败绩传入京师，惠帝异常懊恼，便召问齐泰、黄子澄对策。黄子澄回道：“胜败兵家常事，不足深虑。臣以为曹国公李景隆，材堪大用，不如改任他来代替耿炳文。”

惠帝即拜李景隆为大将军，并调集诸路50万兵马，进兵河间，以报南军败绩之仇。

朱棣闻听京师易将，竟命李景隆披挂帅印，喜不自禁地说：“从前汉高祖用兵如神，还只能将兵10万。景隆竖子，寡谋而骄，给他50万众，这正是自取败亡。”

当时，辽东方面的明朝军队受命进攻已被朱棣控制的永平，永平被围，军报告急。朱棣同诸将计议说：“我在这里，李景隆不敢来攻。我若率军去援救永平，他准会乘虚而入来攻打北平。到那时我再回师北平，内外夹击，李景隆就大败无疑了。”但诸将都感到北平守兵太少，不敢冒此危险怕丢了根本之地。朱棣说：“城中之众，以战则不足，以守则有余。我此去不只为救永平，还要引诱李景隆来就擒，一举而两得。”

九月，朱棣依计率燕军赴援永平。临行时再三告诫留守北平的长子朱高炽说：“李景隆杀来，只宜坚守，不能出战。”他临走时，又故意撤去了芦沟桥上的守兵，以引诱李景隆深入。李景隆不知是计，听说朱棣已率师援救永平，果然于十月匆匆忙忙驱兵直杀北平而来。大军过芦沟桥时，没见一个兵士守卫，便喜不自胜地说：“不守此桥，我看他是无能为力了。”真以为北平唾手可得，遂命大军直遥北平城下。

朱高炽严遵父命，督师固守，连城中的妇女也被动员出来参战。李景隆所统率的南军，却号令不严，指挥不当。兵马虽众，但胆小怕死，不敢向前。惟有都督瞿能，勇敢善战，亲自与两个儿子率领千余精骑，直攻张掖门。眼见就要大功告成，登上城门。但李景隆满怀忌恨，惟恐瞿能父子得了头功，在需要增援时，不仅不发援兵，反而勒令缓攻。燕军藉此喘息机会，连夜泼水于城墙，天寒地冻，第二天城墙上挂遍冰凌，无法登攀，南军就这样失去了攻城的机会。

朱棣在击败永平的辽东军队，又设计攻破另一重镇大宁，收编了大批军队之后，回师北平，与坚守在城内的长子高炽里应外合，发起了对南军的全面反击，李景隆哪里抵挡得住燕军潮水般的攻击，由于害怕，竟独自连夜逃往德州。南军将士见主帅已逃亡，也无心再战，丢下粮草兵械，纷纷溃降。

李景隆兵败北平的消息传到京师后，被黄子澄暗暗匿住。他怕承担误荐之责，竟向惠帝谎奏景隆北平交战获胜，因天寒难以用兵，暂退德州，待明春再战。

惠帝信以为真，喜不自胜，即封李景隆为太子太师。李景隆因祸得福，转危为安，对黄子澄自然是感激不尽。建文二年公元1400年四月，李景隆在惠帝的多次催促下，不得不誓师德州，率兵60万与朱棣于白沟河今河北省雄县北展开决战。这场恶战，两军只杀得山摇地动，日暗天昏，结果李景隆又遭惨败。南军被杀死、蹂躏和溺死者达十几万，横尸百里，惨不忍睹。战乱之中，李景隆又潜逃德州，他连御赐的玺书、斧铖也给丢弃了。南军抛弃的器械辎重好似山积。

朱棣乘胜追击，兵围德州。李景隆又弃德州，逃命于济南。朱棣还是尾追不舍。李景隆只得仓猝迎战。十几万南军布阵未定，就被燕军冲垮。

建文四年五月，燕兵过关斩将，

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