尽管零号和他的团队成功挫败了“深渊”组织在废弃工业区的阴谋，但他们深知这仅仅是这场战争的开始。随着“暗夜之主”力量的不断苏醒，世界各地出现了越来越多的异象，恐怖袭击事件也愈演愈烈。

“深渊”组织的残余势力并没有就此消亡，他们迅速调整了策略，开始在全球范围内暗中活动。他们利用先进的科技手段和古老的魔法，制造混乱，挑起战争，试图将世界推向毁灭的边缘。

与此同时，摇篮新学院也面临着前所未有的挑战。来自世界各地的超自然力量不断涌现，威胁着人类的生存。学院的资源逐渐枯竭，研究人员们夜以继日地工作，试图找到对抗“深渊”组织的终极武器。

零号意识到，他们必须采取更大胆的行动。他决定深入“深渊”组织的核心，寻找他们的终极目标。经过长时间的情报分析和缜密的计划，零号带领一支精英小队前往了一个位于南极的秘密基地。

这个基地隐藏在厚厚的冰层之下，是一个由“深渊”组织精心打造的地下城市。这里聚集了来自世界各地的邪恶力量，他们正在进行一项足以毁灭世界的仪式。

零号和他的团队潜入基地内部，与“深渊”组织的守卫展开了一场激烈的战斗。他们穿过无数的机关和陷阱，最终来到了仪式举行的大厅。

在大厅中央，一个巨大的祭坛上摆放着一颗闪耀着黑色光芒的晶体。这颗晶体正是“暗夜之主”的心脏，一旦仪式完成，它将释放出足以毁灭世界的黑暗力量。

零号明白，他们必须在仪式完成之前摧毁这颗晶体。他带领队员们冲向祭坛，与“深渊”组织的领袖展开了一场生死搏斗。

经过一番激烈的交锋，零号成功地将“深渊”组织的领袖击杀。然而，就在他准备摧毁晶体时，一个巨大的黑影从天而降，挡在了他的面前。

这个黑影正是“暗夜之主”的化身。它体型巨大，浑身散发着恐怖的气息，它的出现让整个基地都为之震颤。

零号知道，这是他人生中最重要的一战。他深吸一口气，将手中的武器对准了“暗夜之主”。

“为了人类的未来！”零号大吼一声，发动了最后的攻击。

一场惊天动地的战斗在基地内部展开。零号和“暗夜之主”的力量不断碰撞，整个基地都开始摇晃。

最终，在千钧一发之际，零号成功地摧毁了晶体。“暗夜之主”的化身发出一声凄厉的惨叫，然后化为漫天的黑雾消散。

随着“暗夜之主”的毁灭，“深渊”组织的阴谋也彻底破灭了。世界终于恢复了和平，人类重新迎来了光明。

然而，零号知道，这并不意味着战斗的结束。黑暗势力就像一条永无止境的河流，只要人类心中还存在着邪恶，它们就可能卷土重来。

尽管零号成功地击溃了“暗夜之主”的化身，但“深渊”的威胁并未就此消失。黑暗的种子早已深深地扎根于人类的心中，只要有欲望、恐惧和仇恨存在，黑暗势力就可能再次崛起。

在“暗夜之主”陨落之后，世界各地出现了许多自称是其信徒的组织。他们利用“暗夜之主”残留的力量，试图重建他们的帝国。摇篮新学院的探员们不得不再次奔赴世界各地，与这些新生的邪恶势力展开斗争。