静杨看到这个前原刚，皱眉道，“千钧，这个家伙好像是个不良份子，我记得你前一阵子还教训过他。”千钧走上前，仔细看了看，点头，“真的是他，我记得他的同伙喊他小刚。”柯南仔细询问起，小雅说，“这个家伙领着几个人在学校附近专门欺负一些同学，被千钧看见，把他们都扁了一顿。”直子点头，“是啊，后来他们就不敢到我们学校去了，都被千钧打怕了。”
目暮警官带着高木警官也赶到现场，再次感叹毛利小五郎果然又在这里。杉田早苗叙述，今天晚上8点时，前原刚约她在客厅唱歌跳艳舞鬼混，在快要9点时，接到了坂口的电话，让前原刚给楼梯上的约翰听电话，随后惨剧就发生了。后来毛利三人组与千钧四人组就到了。千钧在旁边暗自垂涎杉田早苗的暴露性感，刚才抱着可真爽，结果被静杨当场给了粉拳警告。目暮警官也奇怪，为什么狗会无缘无故攻击人，柯南极力反驳，认为约翰不会随便伤人。目暮警官不以为然，高木警官也解释如果狗随便攻击人的话要被药物处理掉的。
晚上，千钧和柯南到阿笠博士那里，千钧也认为豢养多年的狗不会随意攻击人，除非得到主人的命令，黑闪就是这样。阿笠博士拿出了大量资料，柯南从报纸上找到线索，坂口正义的儿子坂口正人在上国中一年级时因被不良同学欺负而自杀。柯南和千钧对视一眼，都有些明白了。
第二天，目暮警官来侦探事务所喝茶，与毛利小五郎谈起了案情，柯南在旁边插嘴，结果被大叔直接捏住了嘴巴。听完目暮警官询问坂口先生的情况，小五郎也确定了当年的不良同学就是死去的前原刚，他在上大学后再次来到东京，就租住在坂口先生的隔壁房间。毛利小五郎立即得出与千钧同样的推断，坂口先生依然怀恨在心，暗中训练了约翰以特定的暗号攻击敌人。但是，目暮警官说昨天他也做了同样的判断，让坂口先生对着约翰说了“约翰你好吗，你好吗约翰？”，可是约翰安静地蹲着，一点反应也没有。毛利侦探有些泄气，觉得不可思议。
柯南单独到坂口家调查了些情况，知道了无线分机电话和钟声的线索，明白了坂口先生的手法。在回到事务所后，柯南拐弯抹角地提示给大叔，小五郎也明白了，坂口先生是利用子机的电话才能发出暗号，而刚巧那时时钟敲响了，这是另外一个暗号。大叔自认为名侦探毛利小五郎把谜题轻易破解了，然后哈哈大笑，柯南无语了。随后大叔约了目暮警官等警方人员前去进行现场推理实验，很多人都闻讯敢来观看，千钧四人组带着黑闪、阿笠博士带着侦探团、文良、云灵、园子、足球队等同学也都来了。千钧感叹真是疯狂的世界，大家都对推理这么感兴趣。不过，结果完成出乎小五郎和柯南的意料，约翰还是没有反应，大家都一阵哄笑。
小五郎恼怒，“奇怪，不可能，难道我真的想错了吗？”小兰恼怒，“父亲怎么可能利用爱犬给儿子复仇呢。爸爸，你想太多了。”千钧这次坚决站在小五郎这边，“毛利叔叔的判断不会错，肯定是利用了条件反射，只是不知道具体的引诱条件是什么。”侦探团不明所以，文乃问什么是条件反射，柯南解释起来，这是俄国生理学家伊万·巴甫洛夫发现一种生物现象，条件反射就是：原来不能引起某一反应的刺激，通过一个学习过程，就是把这个刺激与另一个能引起反应的刺激同时给予，使它们彼此建立起联系，从而在条件刺激和无条件反应之间建立起的联系。当时经典的案例就是用狗来做的实验，非常出名，现在各国生物学课本里几乎都有记载，当然侦探团在一年级还没学到。几个孩子奇怪为什么柯南知道的这么清楚，柯南急忙说是电视上演过了。
这天晚上，在侦探事务所，目暮警官提到了坂口先生最近三个星期一直带约翰带野外活动，毛利小五郎立即道，“一定是坂口先生在训练约翰。”目暮警官摇头，“我们没有证据，这样的话，明天傍晚约翰就要被处决了。”柯南非常失望，身穿粉红色睡衣的小兰回忆起新一，也露出难过的表情，柯南在边上看得口水都流出来了，小兰这样的打扮太美了。
第二天，在帝丹小学，孩子们在游泳，柯南告知了大家约翰将要被处决的消息，侦探团都非常难过，让柯南想想办法救救约翰，柯南摇头，他也一晚上没睡好。今天柯南也没有心情欣赏步美和文乃的泳装秀。这时，柯南看到了游泳老师指挥大家跳水，进行游泳比赛的过程，恍然大悟，明白了问题出在哪里，原来是顺序不对。
于是下午，大家都再次接到通知，前来观看小五郎的推理实验，小五郎指挥高木进行实验，对约翰使用暗号，就像运动员那样，次序千万不能错，否则约翰就无法理解。首先，是电话铃响起相当于各就位，然后是21点的钟声相当于预备，最后就是坂口先生说的话“约翰你好吗，你好吗约翰？”，于是天真无邪可爱烂漫纯真善良乖巧幼稚的约翰就扑向了目标。
在事实面前，坂口正义不得不承认了自己的罪行，他的儿子因被前原刚欺负而自杀，本以为小刚只是个小孩子，还能悔过，没想到长大后反而变本加厉，于是他利用了约翰杀死了小刚报仇。柯南大声地指责坂口，不顾约翰死活，说的话很重，让大家都惊奇地看着他，千钧只好说他太喜欢狗了，才会语无伦次。所有人都惊叹毛利侦探的精彩推理，这次也是毛利侦探在清醒状态下解决的案件，因而他更加得意，放声大笑，“什么条件反射诡计陷阱，在我名侦探毛利小五郎面前都不值一提，哈哈”柯南吐槽，还不是我提示你才发现的。
千钧觉得这个手法太麻烦了，“这个约翰并不聪明，居然用复杂的命令训练了这么久才形成条件发射。要是我们家黑闪，就不用这么麻烦。”高木笑着说，“怎么可能，狗都是利用条件反射来执行命令的。”千钧好笑，“黑闪，教训一下高木警官！”在大家目瞪口呆中，黑闪直接将高木扑倒在地，添了添他的脸蛋。高木吓得差点晕过去，宫本由美吹口哨招呼黑闪过来，佐藤急忙上前将高木扶起，高木的腿都软了。
目暮警官满头黑线，大吼，“千钧，看好黑闪，如果有人被牠攻击了，你这个主人就难辞其咎。”千钧不好意思表示自己一定会注意的。文乃和步美好奇地围着黑闪，下命令让牠攻击元太试试，黑闪舔了舔她们的脸蛋，没有更多的反应。元太吓得拼命躲在阿笠博士身后，博士的脸色也不太好看，大喊黑闪别过来。光彦也让步美她们两个别胡闹。
小雅急忙安慰，“没事的，黑闪很奇怪，牠不太听得懂别人的命令，外人的命令牠也不会执行的。就连我们几个也要不断示意牠才能明白，只有主人千钧的话，牠才能直接听懂，而且会很好地执行。”静杨也说，“可我们也从来不见千钧训练过黑闪，不过黑闪确实非常聪明。”直子摸着黑闪的头，“应该是黑闪小时候与千钧建立的那种默契才让牠一直能很好理解主人的意思。”随后，由美将文乃也放到黑闪身上，让黑闪载着她在附近玩耍，文乃抱住黑闪开心地欢呼起来。步美有些气恼，让文乃玩一会就下来换自己玩。
目暮警官将低头认罪的坂口正义带走了，后来坂口被法庭判处4年徒刑，约翰也转交给坂口的亲戚豢养。大家在一起回去的路上，看见一位漂亮的遛狗女郎，牵着一条狗过来。小兰笑着说，“你们看，那条狗是不是很可爱？”侦探团都围过去抚摸称赞，遛狗女郎见自己的狗这么受欢迎也很高兴。
毛利小五郎老毛病发作，上前摆酷，“亲爱的美丽小姐，我也是个非常喜爱狗的的男士，让我们去咖啡厅聊一聊狗的故事，顺便增进一下感情好吗？”遛狗女士有些不知所措，不过她的狗却感觉大叔不怀好意，狂吠着冲过去咬大叔，小五郎吓得魂飞魄散，亡命而逃。侦探团说他活该，柯南说本性难改，小兰头疼，静杨她们三个笑成一团，千钧嘟囔，这个遛狗女郎还没有杉田早苗性感呢，大叔的品味还真奇怪。